بخش نگهداری آثار مکتوب شامل 12000 جلد کتاب اعم از کتابهای خطی، سنگی، آثار مکتوب قدیم و معاصر در موضوعاتی مانند: قرآن، تفسیر، فقه، اصول، عقائد، کلام، فلسفه، حقوق، حدیث، ادعیه، رجال، تاریخ سرگذشت نامه، ادبیات، واژه نامه ها و لغاتف جغرافیا، طب اسلامی و ... می باشد که مورد استفاده محققین و پژوهشگران مؤسسه و همچنین سایر داوطلبان استفاده از این منابع می باشد.