در قرنهاي بعد، با پديدآمدن فرقههاي مذهبي مختلف در اسلام، اصفهان باز هم محل زندگي فرقههاي مذهبي مختلف و متعدد اسلامي بود. در گوشهاي از آن شافعيان، در گوشهاي ديگر حنفيان، در يك قسمت شيعيان و در بخشهايي نيز پيروان مسيح و موسي و زرتشت زندگي ميكردند. در عهد صفويان نيز هنگامي كه شاه عباس اول، ارمنيان مسيحي را از جلفاي ارمنستان به محلي در نزديكي اصفهان كوچ داد، قوم جديدي با دين و فرقههاي مذهبي ويژة خود در كنار اقوام و اديان قبلي جاي گرفتند. زيرا اين مهاجران تازه نيز پيرو فرقههاي مختلفي از دين مسيح بودند. بدين ترتيب اصفهان همواره زيستگاه ده ها عقيده مذهبي و ديني بوده است. اما در اينجا تنها دينهاي بزرگي كه در اين شهر بوده و هنوز باقي هستند، برشمرده ميشوند.
پس از ورود دین اسلام به ایران، اصفهان نیز مانند ديگر شهرهاى ايران تا اوايل قرن چهارم تحت سلطهٔ اعراب بود و در زمان منصور خليفهٔ عباسى ، مورد توجه قرار گرفت و به حاکم اين شهر دستور داده شد که در عمران و آبادانى آن بکوشد. به همين منظور در دهکدهٔ خشينان (احمدآباد فعلي) قصرى عالى بنا گرديد و بارويى به دور شهر کشيده شد و خشينان به يهوديه متصل گشت.
در دوره های مختلف مراكز مهم و زيبايي به نام حوزه، مدرسه و مسجد جهت نشر افكار و عقايد و آيين اسلام بنا شد. اولين مسجد در اصفهان در زمان خلافت حضرت امير(ع) در محلّه گلبار در کنار مرقد شيعا و مقبرة امامزاده اسماعيل ساخته شد. استادان و دانشمندان مبرز ايراني و اصفهاني به تدريس و تأليف و ترجمه پرداختند و حاصل زحمات خود را به نام آثار اسلامي در جهان منتشر ساختند. تاجايي كه در دوره صفويه بنا به نوشته شاردن، سيّاح فرانسوي تعداد مدارس مذهبي در اصفهان ۵۷ باب ذكر شده وكتاب تاريخچه وقف، تعداد مساجد را ۱۸۰ باب آورده است.
همه اين مدارس و مساجد و حوزه هاي علميه كتابخانه داشته و مدرسين دانشمند و بزرگي در آنجا تدريس مينمودند و به وعظ و خطابه ميپرداختند. بيشتر آنها داراي موقوفاتي بودند كه مخارج آنها را تأمين ميكرده است. بعضي از آنها داراي اطاقهاي متعدّدي بوده كه طلاب علوم ديني در آنجا به صورت شبانهروزي زندگي ميكردند.
مهمترین دوره و اوج شکوفایی مذهبی این شهر مربوط به دوره صفویه بوده است که با هجرت دانشمندان شیعه از لبنان و دیگر مناطق، این شهر مرکزیت علمی در همه زمینه ها پیدا نموده و می توان این دوره را یکی از دوره های طلایی و تمدن پیشرفته شیعه تلقی نمود. در این دوره محقق کرکی عاملی به عنوان بزرگ فقیه و دانشمند شیعه در دربار، به عنوان مشاور اعظم و پس از او شیخ بهایی و سپس علامه مجلسی نقش والایی را در شکل گیری این تمدن شیعی ایفا نمودند. در این دوره تمدن شیعه شیخ بهایی با برخورداری از تخصص در بیشتر علوم زمان خود و مهندسی فوق العاده، مدیریت علمی این تمدن با شکوه را بر عهده گرفته و اصفهان در زمینه کشاورزی و صنعت و معماری و هنر و مرکزیت پیدا کردن سرآمد شهرهای اسلامی شد.
حوزهای علمیه در این شهر نقش والای خود را ایفا نمودند و مدرسه های بزرگی در این شهر با معماری زیبای اسلامی شکل گرفت مانند مدرسه چهارباغ، مدرسه صدر، مدرسه نیم آور، مدرسه صدر خواجو، مدرسه ملاعبد الله، مدرسه جده بزرگ و مدرسه جده کوچک و... در دوره صفویه در این شهر جریانهای علمی بزرگی در زمینه دانش فقه و حدیث و تفسیر و فلسفه در این شهر شکل گرفت که آثار و تالیفات این دوره مهمترین کتب علمی امروزه در حوزه های علمیه به حساب می آید. دایرة المعارف بزرگ بحارالانوار مهمترین کتاب شیعه محصول این دوره و تالیف علامه مجلسی می باشد.
پس از انتقال مرکزیت علمی حوزه های دینی از این شهر به کربلا و نجف، حوزه های علمی این شهر پویایی خود را حفظ نموده و خاندانهای علمی بزرگی در این شهر شکل گرفت که این حیات علمی تا به امروز در اصفهان ادامه پیدا کرده و امروزه هم حوزه علمیه اصفهان پس از قم در کنار حوزه مشهد یکی از بزرگترین مراکز علمی جهان تشیع به حساب می آید.
اهم دانشمندان و فضلا و عرفايي كه در مراكز ديني این شهر به تدريس اشتغال داشتند عبارتاند از: علي بن سهل متوفي به سال ۲۸۰ هجري، ابوالفرج اصفهاني متوفي به سال ۳۶۰ قمري، حمزة اصفهاني متوفي به سال ۳۶۰ قمري، حافظ ابونعيم متوفي در ابتداي قرن چهارم، ابوعبدالله معصومي متوفي در نيمه اول قرن پنجم، راغب اصفهاني متوفي به سال ۵۶۵ قمري، ابوعلي مسكويه متوفي به سال ۲۴۰ هجري، مفضل بن سعد بن حسين مافروخي، صاحب بن عبّاد و محقّق كركي معروف به محقق ثاني. علاوه بر اينها بسياري از دانشمندان معروف ديگر از جمله: ابن سينا، ملاصدرا، علاّمه مجلسي، ميرداماد، ميرفندرسكي، شيخ بهايي و در اين اواخر نيز آيت الله آقا رحيم ارباب و استاد جلال همايي، در حوزههاي علميه اصفهان به تدريس علوم اشتغال داشتهاند.
از بانوان فاضل و دانشمند، سركار حاجيه خانم امين مجتهده مشهور و حاجيه خانم همايوني كه از مؤسسين مكتب فاطمه در اصفهان بودهاند نيز از مدرسين عاليقدر و فاضل معاصر اصفهان به شمار ميآيند. اصفهان به بركت وجود بسياري از علما و فضلا و عرفا و شعرا و دانشمندان به دارالعلم شهرت داشته است. بيشتر دانشپژوهان و طلاّب علوم ديني به اين شهر ميآمدند و از درياي بيكران علوم دانشمندان اصفهاني كسب فيض ميكردند و خود به درجات علمي و فقهي نايل آمده جهت تعليم و تدريس به ممالك و شهرهاي خود باز ميگشتند.