هيئت‌امنا به‌حَسَب پیشینه و کارنامة سنگين و مسئوليت‌‌هاي فرهنگي و علمي، خود، رويكردی كلان و جامع به نگرش‌هاي اصلي مؤسسه يعني پژوهش و تحقيق در علوم و معارف و معرفي سيرة اهل‌‌البيت(ع) و دانشمندان مسلمان در دوره‌‌هاي مختلف موجوديت و استيلاي پر افتخار اسلام و بيان نقش پر اهميت افكار آنان در توسعه و تأثير علوم بر روح شيفتگان معارف عاليه دارند. افزون بر آن، مخاطبين خود را نیز به پژوهشگري و تحقيقات مبسوط ترغيب و معطوف مي‌‌نمايند. بدين‌صورت، تفقه و توليد علم و كشف و نوآوري در فضاي فكري و فرهنگي اين مؤسسه ميسّر خواهد گرديد. لذا به‌منظور سازماندهي، برنامه‌‌ريزي، نظارت و اجراي امور علمي و پژوهشي مؤسسة تحقيقات و نشر معارف اهل‌‌البيت(ع) اصفهان، شورایي به‌نام شوراي علمي‌پژوهشي تشکيل ميگردد.
مدير واحد علمی‌پژوهشي، رياست شورا را بر عهده دارد.
اعضای شورا به تعداد دو برابر مورد نياز توسط مدير واحد علمي‌پژوهشي و با نظر مشورتي مدير اجرایی تعيين و به مديرعامل مؤسسه پيشنهاد مي‌‌گردند و مديرعامل مؤسسه با نظر خود آن‌ها را اولويت‌بندي کرده و برای تعيين و تایيد نهایي به هيئت‌امنا معرفي مي‌‌نمايد.
مدت هر دورة شورا سه سال است.
تعداد اعضاي شورا هميشه فرد و دست‌کم پنج نفر است. تغيير تعداد در پايان هر دوره به پيشنهاد مديريت واحد علمی‌پژوهشي و تصويب مديرعامل مؤسسه امکان‌‌پذير است.
جلسات با حضور نصف به‌علاوه يک اعضا رسميت می‌یابد و رأي اکثريت اعضای حاضر در جلسات شورا ملاک عمل خواهد بود.
درصورتي‌که با وجود تلاش مدير واحد علمي‌پژوهشي و طبق آیين‌نامة شورا، جلسة شورا تشکيل نگردد يا رسميت نيابد با تایيد مديرعامل مؤسسه، اختيار تصميم دربارة موضوعاتي که لازم است هر چه سريع‌تر دربارة آن‌ها تصميم‌‌گيري شود، به مدير واحد علمی‌پژوهشي ارجاع ميگردد.
درصورتي‌که هر يک از اعضاي شورا بيش از سه جلسة متوالي يا چهار جلسة متناوب در نود روز کاري غيبت غيرموجّه داشته باشند، مستعفي شناخته مي‌‌شوند. تشخيص موجّه يا غيرموجّه بودن غيبت به‌عهدة مدير واحد علمی‌پژوهشي است.
گروهي مرکب از يک نفر منتخب شورا، مدير اجرایی و مديرعامل، وظيفة نظارت بر کار شورا را برعهده دارند. نظر اجماعي اين گروه براي حذف فرد يا افرادي از اعضاي شورا کفايت مي‌‌کند. دستور جلسات اين گروه توسط رئیس شورا تعيين مي‌‌شود.
شورا بالاترين مرجع تصميم‌‌گيري دربارة محتواي علمي و فرهنگي مؤسسه است و مصوبات شورا در اين موارد لازم‌الاجراست.
وظائف شورا
• پيگيري دستيابي به منابع، تعيين و تایيد آن‌ها براي دسترسي کاربران و مراجعان.
o تعيين و تأیيد سطح دسترسي به منابع براي کاربران و مراجعان.
• شناسایی محققين، پژوهشگران و صاحبان انديشه و به‌کارگيری آن‌ها در ارتباط با موضوعات مطرح در شورا اعم از تحقيق يا ارزيابي موضوعات تحقيقي.
o تعيين حق‌‌الزحمه محققين با تأیيد مديرعامل.
• تعيين يا تأیيد موضوعات تحقيقي که بر اساس نياز، مؤسسه از آن‌ها پشتيباني مي‌‌نمايد.
• مشخص‌‌نمودن موضوعات مورد نياز براي تحقيق، طبقه‌‌بندي و اولويت آن‌ها.
• تأیيد ( قبل از اجرا) برنامه‌‌هاي اجرایی علمي‌فرهنگي در محل مؤسسه اعم از سخنراني، کلاس‌‌هاي آموزشي، نمايشگاه و... از نظر انطباق با وقف‌‌نامه، اساسنامه، طرح‌‌ها و مصوبا ت شورا.
• تأیيد مجريان برنامه‌‌هاي علمی‌فرهنگي که در محل مؤسسه قرار است اجرا گردد.
• تأیيد نهایی منشوراتی که قرار است توسط مؤسسه يا با امکانات مؤسسه منتشر شود؛ اعم از کتاب، مجله، انتشارات الکترونيکي، پوستر و... .
• تدوين آئين‌‌‌نامه‌‌ها و گردش کار شورا و پيشنهاد آن به مديرعامل برای تصويب.
تذکر: مالکيت طرح‌‌هاي تحقيقي که با بودجه و امکانات مؤسسه انجام گرفته است با مؤسسه است و درصد اين مالکيت را آئين‌‌‌نامه‌‌هاي داخلي شورا و قراردادها مشخص مي‌‌نمايد.