اعضای هيئتامنا در آغاز اوّلين دوره، بهوسيلۀ مؤسس و واقف تعيين و معرفي ميگردند و سپس طبق مفاد وقفنامه تغيير تعداد يافته يا جايگزين ميشوند.
وظائف و مسئوليتهاي هيئتامنا
تعيين خطمشي کلي مؤسسه؛ تعيين سياستهاي راهبردي مؤسسه؛ تعيين راهکارهاي بهانجامرساندن سياستهاي راهبردي مؤسسه؛ تأمين منابع مالي، اعتباري و امکانات لازم براي انجام مصوبات هيئتامنا؛ نظارت بر حُسن اجراي مصوبات هيئتامنا؛ تنظيم و تصويب بودجه و ترازنامه؛ قبول هدايا و کمکهاي مالي و غيرمالي که به مؤسسه ميشود؛ خريد و فروش کالاهاي سرمايهاي؛ تغيير کاربري هر بخش از ساختمان بر اساس برنامهريزي مدوّن؛ ايجاد دفتر، شعبه و نمايندگي؛ انتصاب و عزل مديرعامل؛ تعيين حقوق و مزاياي مديرعامل؛ اعلام نظر دربارة پيشنهادها و گزارشهای مديرعامل.
هيئتامنا ميتواند هرآنچه از اختيارات خود را که صلاح ميداند، در موارد خاص و در زمان محدود (مشروط به قبول مديرعامل) به مديرعامل تفويض نمايد.
هيئتامنا بهحَسَب پیشینه و کارنامة سنگين و مسئوليتهاي فرهنگي و علمي، خود، رويكردی كلان و جامع به نگرشهاي اصلي مؤسسه يعني پژوهش و تحقيق در علوم و معارف و معرفي سيرة اهلالبيت(ع) و دانشمندان مسلمان در دورههاي مختلف موجوديت و استيلاي پر افتخار اسلام و بيان نقش پر اهميت افكار آنان در توسعه و تأثير علوم بر روح شيفتگان معارف عاليه دارند. افزون بر آن، مخاطبين خود را نیز به پژوهشگري و تحقيقات مبسوط ترغيب و معطوف مينمايند. بدينصورت، تفقه و توليد علم و كشف و نوآوري در فضاي فكري و فرهنگي اين مؤسسه ميسّر خواهد گرديد. لذا بهمنظور سازماندهي، برنامهريزي، نظارت و اجراي امور علمي و پژوهشي مؤسسة تحقيقات و نشر معارف اهلالبيت(ع) اصفهان، شورایي بهنام شوراي علميپژوهشي تشکيل ميگردد.
مدير واحد علمیپژوهشي، رياست شورا را بر عهده دارد.